La località di "San Giovanni" si trova a circa 1km dal centro cittadino di Cutrofiano. La cripta probabilmente ospitava una comunità di monaci basiliani tra l'VIII e il IX secolo. Sulle sue pareti è possibile osservare delle tracce di affreschi. Vicino la cripta, vi è una piccola chiesa dedicata a San Giovanni Battista. La località ospita oltre alla cripta e alla chiesa rupestre, anche una piccola necropoli medievale, un frantoio ipogeo e una grande cisterna.